實驗動物中心位於輔仁大學校園東區之後段，臨近貴子路運動場旁之醫學院大樓國璽樓E棟2、3樓以及包括原醫學院動物房倬章樓DG232室，佔地約260坪。國璽樓E棟2、3樓設計為SPF（Specific Pathogen Free）等級之飼育房，原醫學院動物房DG232室則規劃為感染性實驗場所。

本中心SPF區，為正壓，具恆溫、恆濕、全換氣、講究從潔淨差別所訂定之壓差與氣流方向之環境控制；本中心遵循行政院農業委員會(COA)所頒布的管理指導方針，同時依循ILAR(實驗動物資源協會)所訂定之「實驗動物管理與使用指南」所要求之動物飼養設施之條件規範。

輔仁大學實驗動物中心之環境控制條件一覽表

本中心在空間規劃上分別設置有小鼠飼育室5間、大鼠飼育6間、暫存室與檢疫室各2間、多功能飼育室及兔飼育室各1間；同時為便於研究人員於本中心操作動物實驗，設置有操作室與綜合實驗室各2間，以及行為學研究室與解剖室各1間。

本中心為有效區隔乾淨區域與相對污染區域，採用有色地板作分區區隔，乾淨區域(SPF區)為灰色地板，相對污染區域(返迴走道與洗滌區)為橘色地板。人員進入動物房前須先著本中心預先滅菌過的服裝，一但步入橘色的區域，就嚴禁再回頭進入灰色區域以慣徹本中心雙走道規劃之用心。
 

本中心之動物代養主要以囓齒目實驗動物為主，包括大鼠、小鼠、倉鼠、天竺鼠及兔子等。為因應這些實驗動物之潔淨度之分別，本中心配置有IVC(Individually Ventilated Cage)之飼育盒於小鼠飼育室、檢疫室及暫存室；特別是暫存室的設置，2、3樓各有一間，裡面分別有大鼠IVC及小鼠IVC，其設置之特殊乃在於校內研究者眾多，每個人的研究形形色色，所需使用到的儀器亦多樣，本中心無法配備如此多樣化的儀器設施滿足所有人之需求，因此為便於研究者進行實驗，容許一些實驗動物離開本中心至各個研究室進行實驗，若這些實驗後之動物需回到實驗動物中心來，則安置於各樓層之暫存室，同時以IVC進行後續之飼養，如此可將干擾與污染降至最低。

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