本校最早的實驗動物房為理工學院生物系之動物房，最初只為實驗課程豢養動物之所在。至民國80年代由於教學與研究之需要，陸續設置有食品營養學系之動物中心、醫學系之動物房。過去在輔仁大學實驗動物中心成立之前，本校分別有醫學院醫學系動物房14坪、理工學院生命科學系(原生物系擴建)動物房25坪及民生學院營養科學系(原食品營養學系)動物房35坪等三處。

隨著校內學術研究日益昌盛，實驗動物的使用量也急速增加，豢養空間亦日益侷促，現存之三處動物房皆因規模過小、設備老舊及位處建築物之邊偶，無法再有效擴建。本校於民國90年開始著手規劃新的實驗動物房，並於醫學院新的綜合大樓規畫之初，同時納入實驗動物專用之空間，只是當新醫學院綜合大樓完成時，所建置之實驗動物房已然不符目前生物科技發展之使用。

在動物權日益受大家重視的今天，社會各界對實驗動物的飼養管理是否符合人道照養，飼育環境是否符合標準愈來愈重視，民國96年本校重啟規劃符合國際水平之新實驗動物中心規構想，並於96年11月26日召開「輔仁大學實驗動物中心96學年度第1次規劃會議」，會後成立了實驗動物中心規劃小組。

民國97年5月1日召開第2次規劃會議，會議中確立了由醫務副校長江漢聲統籌實驗動物中心之規畫及督導規劃小組之運作；會中確立「新實驗動物中心空間建置規劃書」提交董事會審查之決議；於97年6月26日獲董事會第16屆第10次會議審查通過，並撥款肆仟伍佰萬整建新實驗動物中心。

民國98年12月底位於國璽樓E動2、3的動物房正式動工，同年3月5日「輔仁大學實驗動物中心設置辦法」於97學年度第六次行政會議中通過，實驗動物中心規劃小組依據本法推動本校成立「輔仁大學實驗動物中心」之校級行政單位。翌年99學年度「輔仁大學實驗動物中心」於8月1日正式成立。

民國100年6月實驗動物中心動物房裝修工程案驗收通過完工，8月實驗動物進駐，9月22日本中心掛牌揭幕，至此輔仁大學實驗動物中心終於邁入正式營運階段。
 

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