本中心隸屬學術副校長室管轄之校級行政單位，接受實驗動物照護及使用委員會(IACUC)之監督，學術副校長為該委員會之召集人。中心置主任一人，統籌管理本中心各項業務。本中心組織上分設獸醫組與飼養組兩組，分別負責執行實驗動物健康監測與飼育管理等業務，每組有組員或技士若干名。
